research

Исследования в области ВИЧ / СПИД

Биомедицинский центр осуществляет научно-исследовательскую и внедренческую деятельность во всех областях изучения ВИЧ/СПИДа. Основными направления деятельности являются исследования в областях:

Профилактика ВИЧ инфекции
Молекулярная эпидемиология ВИЧ
Вакцина против ВИЧ

Профилактика ВИЧ инфекции:

Консультирование до и после теста на ВИЧ-инфекцию и социально-психологическое сопровождение является важной частью процесса профилактики ВИЧ-инфекции, поскольку доказано, что даже простое участие в программе, где производится оценка поведенческого риска, само по себе является ценным профилактическим вмешательством, а раннее выявление инфекции способствует более ранней профилактике её дальнейшего распространения.

В профилактических проектах Биомедицинского центра используется модель консультирования, разработанная отделом ООН по СПИДу в 2000 году и рекомендованная Министерством Здравоохранения РФ к использованию в качестве стандарта. Основу данной модели составляют гуманистический подход, ориентированный на клиента. Консультирование проводится специалистами, имеющими высшее психологическое образование. На дотестовом консультировании производится оценка риска заражения ВИЧ-инфекцией, оценка уровня знаний и способности справиться с кризисом в случае получения положительного результата. Послетестовое консультирование проводится примерно через 2 недели и варьируется в зависимости от результата теста. Обязательными компонентами консультирования являются конфиденциальная обстановка при сообщении результата теста, предоставление достаточного количества времени на проживание эмоционального состояния, понимание и принятие результата теста, доступность и доверительность в общении с психологом, разработка дальнейшего плана действий и выбор возможных альтернатив в зависимости от результата теста и реального поведенческого риска участника.

В комплексной программе сопровождения участников исследований помимо консультирования и тестирования на ВИЧ используется модель индивидуального ведения случая или кейс-менеджмент. Кейс-менеджмент предполагает индивидуальный подход и стратегию индивидуального сопровождения каждого участника исследования. Постоянный контакт с участниками исследования осуществляется социальными работниками посредством телефонных звонков, писем и домашних визитов. Для реализации программ подготовлена команда квалифицированных психологов и социальных работников. Основным принципом работы является индивидуальный подход. Это означает, что при наличии общих концепций и задач при сопровождении участников, каждый случай рассматривается индивидуально, и для каждого участника вырабатывается своя стратегия и тактика общения. Все применяемые методики адаптированы к российским условиям.

К основным принципам работы персонала проекта с участниками исследования можно отнести:

конфиденциальность;
информированное согласие;
профессиональная компетентность;
уважение прав участника исследования;
сотрудничество с участниками;
личная ответственность;
личные и профессиональные ценности.

Разработанная социально-психологическая программа сопровождения реализуется Биомедицинским Центром в работе с потребителями наркотиков в рамках лонгитюдных проектов, то есть там, где необходимо поддержание длительного и непрерывного контакта с участниками. Предварительные данные по апробации данной программы позволили получить положительный ответ на вопрос о возможности проведения долговременных профилактических программ и исследований среди инъекционных наркопотребителей.

В профилактических проектах Биомедицинского центра приняли участие более 3 тысяч человек.

Вакцина против ВИЧ

История разработки вакцины против ВИЧ в России.

Впервые в России представление о том, что необходимо начинать работу по созданию вакцины против ВИЧ, было сформулировано в 1994 г. на Всероссийском совещании «СПИД как проблема национальной безопасности», организованном Биомедицинским центром. Это представление было основано на появившихся к 1994 г. данных об естественной резистентности к ВИЧ, и было зафиксировано в документах совещания. До 1994 г. ни в России, ни в мире активных работ по созданию вакцины не велось. После 1994 г. потребовалось два года, чтобы пролоббировать программу разработки вакцины в Государственной Думе. В 1997 г. начала действовать межведомственная программа «Вакцины нового поколения и медицинские диагностические системы будущего».

Год 1997 ознаменовался также важным событием на международной арене. В Денвере (США) состоялся саммит восьмерки индустриально развитых государств с участием России, на котором было принято решение о международном сотрудничестве в разработке вакцины против ВИЧ. В этом же году Президент США Б. Клинтон объявил, что США намерены разработать вакцину в десятилетний срок. Хотя это намерение не было выполнено, заявление Б. Клинтона оказало огромное мобилизующее влияние на ход разработки вакцины, в особенности в США. Таким образом, можно заключить, что российская инициатива по разработке вакцины против ВИЧ не опоздала по сравнению с аналогичными инициативами в мире.

Развитие Российской программы разработки вакцины против ВИЧ в течении следующих пяти лет характеризовалось следующими особенностями. Координатором разработки вакцины против ВИЧ в рамках межведомственной программы «Вакцины нового поколения и медицинские диагностические системы будущего» стал А.П. Козлов, с 1999 г. – профессор С.-Петербургского университета. Начиная с 1999 г. СПбГУ активно участвует в подготовке специалистов для вакциновой программы, особенно в части, касающейся создания и поддержания когорты с высоким риском заражения ВИЧ, необходимых для испытания кандидатных вакцин на эффективность, и в когортных исследованиях. Кандидатная вакцина разрабатывалась в С.-Петербурге (ДНК-вакцина, ответственный исполнитель Биомедицинский центр, соисполнитель – ГосНИИ ОЧБ) и Новосибирске (т.н. полиэпитопная вакцина, отв. исполнитель – ГНЦ «Вектор»). Несколько позднее рекомбинантный белок в качестве вакцины предложил Институт иммунологии, г. Москва. Этот период включал лабораторные разработки и испытания на животных. Он продолжался до окончания программы «Вакцины нового поколения и медицинские диагностические системы будущего» в 2002 г.

Второй период развития работ по вакцине против ВИЧ в России включает 2007-2010 гг. Работы осуществлялись в соответсвии с распоряжением Правительства РФ № 1905 от 25.12.2007 г. «О выделении средств федерального бюджета на проведение научно-исследовательских работ, мониторинга за вирусом иммунодефицита человека и укрепление материально технической базы ряда учреждений». В 2006 г. В С.-Петербурге состоялся саммит восьмерки индустриально развитых государств, на котором Россия подтвердила свою приверженность международному сотрудничеству в разработке вакцины против ВИЧ. Разработчиками вакцины против ВИЧ на этом этапе стали ГНЦ «Вектор», ГосНИИ ОЧБ, Институт иммунологии, СПбГУ, ННИУ Биомедицинский центр. Для сотрудничества в области разработки вакцины против ВИЧ и выполнения распоряжения Правительства РФ был создан С.-Петербургский консорциум организаций, куда вошли СПбГУ, ГосНИИ ОЧБ и Биомедицинский центр. Было разработано специальное соглашение о сотрудничестве. Научным руководителем консорциума был избран профессор СПбГУ, директор Биомедицинского центра А.П. Козлов. Консорциумы являются общепринятой мировой практикой работы в области вакцины против ВИЧ. Признано, что ни одна страна в мире (даже США) не в состоянии в одиночку создать вакцину против ВИЧ. Поэтому СПб консорциум явился адекватной организационной формой, отвечавшей задачам дня.

Самой характерной чертой фазы развития вакцинового проекта в России в 2008-2010 гг. явилось то, что три вакциновых кандидата в С.-Петербурге, Москве и Новосибирске прошли первую фазу клинических испытаний (безопасность). Кроме того, в С.-Петербурге в результате сотрудничества СПбГУ и Биомедицинского центра была создана когорта пациентов с высокой заражаемостью ВИЧ, необходимая для испытания кандидатных вакцин на эффективность.

Важным событием прошедшего периода явилось открытие феномена «генетического бутылочного горлышка» у наркозависимых, имеющего важное значение для разработки вакцины. Открытие имеет общемировое значение, ему была посвящена специальная редакционная статья в журнале Science в июле 2010 г.

На сегодняшний день состояние разработки вакцины в мире и в России можно суммировать следующим образом. В мире разработка вакцины против ВИЧ признана приоритетной задачей. На нее тратиться около миллиарда долларов в год. В финансировании проектов по вакцине против ВИЧ принимают участие не только государства, но и крупнейшие международные фонды (например фонд Билла и Мелинды Гейтс) и фирмы (например, Мерк). Создан международный консорциум, т.н. «Энтерпрайз», для координации международных усилий по созданию вакцины. На наших глазах в результате работы над вакциной против ВИЧ рождается новая наука и новые технологии ХХI века. Работа над вакциной против ВИЧ помогает создавать также вакцины против туберкулеза, малярии, сифилиса и т.п. По аналогии с космическими программами, международные программы по вакцине против ВИЧ имеют своим следствием создание целых кластеров новых технологий для решения актуальных биомедицинских и биотехнологических задач.

Разработка вакцины против ВИЧ в Биомедицинском центре.

Основная трудность в разработке вакцины против ВИЧ заключается в необычной биологии вируса иммунодефицита человека: вирус размножается в клетках иммунной системы хозяина, постепенно разрушая ее; он чрезвычайно изменчив и существует в инфицированном организме в виде «квазивида» - набора вирусных вариантов, отличающихся друг от друга, что приводит к постоянному «ускользанию» вируса из-под давления иммунной системы. Кроме того, отсутствует адекватная модель ВИЧ-инфекции на животных, в связи с чем эффективность разрабатываемой вакцины можно оценить только при проведении в полном объеме трудоемких и длительных клинических испытаний, на подготовку которых требуются значительные затраты. Тем не менее, разработка и испытания новых вакцин против ВИЧ продолжаются.

Одним из наиболее перспективных современных подходов для создания вакцин является ДНК-вакцинация. ДНК-вакцины представляют собой плазмиды, содержащие гены белков вирусов или других инфекционных агентов, на которые необходимо выработать иммунитет. ДНК-вакцины содержат все необходимые элементы для экспрессии чужеродных генов в иммунизируемом организме. Как правило, ДНК-вакцины вводятся внутримышечно, подкожно или интрадермально, в ряде случаев с помощью электропорации. Плазмидная ДНК неспецифически проникает в клетки, находящиеся в месте инъекции (миоциты, кератиноциты, дендритные клетки), а затем транспортируется в ядро, где происходит экспрессия чужеродных генов. Соответствующие им антигены, синтезируемые в организме, представляются отдельными пептидами на рецепторах главного комплекса гистосовместимости (MHC) как I, так и II класса антигенпрезентирующих клеток (АПК). Нагруженные антигенами АПК транспортируются в дренирующие лимфатические узлы, где они «предъявляют» антигенные комплексы «пептид-молекула MHC-сигнальная молекула» «наивным» Т-лимфоцитам. Данное взаимодействие обеспечивает возникновение необходимых вторичных сигналов для запуска иммунного ответа, активации и пролиферации Т-лимфоцитов, либо активации В-лимфоцитов и продукции ими антител. В результате формируется как клеточный, так и гуморальный иммунный ответ.

Преимуществами ДНК-препаратов являются следующие особенности:

1. В области дизайна – синтетические и ПЦР-методы позволяют легко осуществлять модификации дизайна. Возможна оптимизация ДНК-препаратов с помощью изменений на уровне кодонов или структуры РНК. Возможно применение всей мощи геномических подходов.

2. В области производства – быстрые производственные процессы, воспроизводимое крупномасштабное производство. Производство плазмидных ДНК является менее затратным и более качественным в отношении чистоты конечного препарата.

3. В отношении безопасности – в противоположность живым вакцинам, ДНК-препараты не могут ревертировать в вирулентные формы. В противоположность убитым вакцинам, не требуют токсичных обработок. Отсутствуют негативные эффекты у тысяч добровольцев, проверенных до настоящего времени.

В отношении стабильности – ДНК-препараты более температурно устойчивы, чем белковые препараты и обычные вакцины. Они характеризуются большей продолжительностью хранения. Требования к условиям хранения и транспортировки препаратов ДНК менее жесткие, чем для препаратов рекомбинантных белков. Весьма вероятно, что не будет необходимости в «холодовой цепи».

Предыдущие исследования

В Биомедицинском центре в течение более чем двадцати лет проводятся работы по по изучению эпидемии ВИЧ/СПИД в России, и в течение тринадцати лет – работы по разработке ДНК-вакцины против ВИЧ/СПИД. Сотрудниками центра были обнаружены первые случаи ВИЧ-инфекции в Ленинграде в 1987 году, выявлена первая в СССР смерть от СПИДа в 1988 году, изолированы одни из первых штаммов ВИЧ-1 в СССР, изучена молекулярная эпидемиология ранней стадии эпидемии ВИЧ/СПИД в России и других странах бывшего СССР [Kozlov et al., 1993; Nabatov et al., 2007]. Были получены полноразмерные геномы двух доминирующих в России вариантов ВИЧ-1 [Masharsky et al., 2003]. Более 95% случаев ВИЧ-инфекции в России и в Санкт-Петербурге обусловлены штаммами ВИЧ-1, относящимися к восточно-европейской разновидности субтипа А, значительно отличающейся от штаммов ВИЧ-1, распространенных в Западной Европе и Северной Америке, а также в странах Африки. При этом нами было показано, что на протяжении 15 лет развития эпидемии (с 1995 года) уровень генетического разнообразия штаммов субтипа А в России остается низким. Это позволило нам на основании проклонированного генома штамма ВИЧ-1 субтипа А создать серию плазмид, способных экспрессировать 4 гена ВИЧ-1 в клетках млекопитающих и заложивших основу разработки ДНК-вакцины против ВИЧ/СПИД. В 1997 году Биомедицинский центр начал первую в России программу разработки вакцины против ВИЧ. В последующие годы были оптимизированы конструкции плазмид и в результате получен первый отечественный препарат ДНК-вакцины против ВИЧ («ДНК-4»). Интеллектуальная собственность разработок защищена научными публикациями [Murashev et al., 2007] и патентами Российской Федерации. Разработанная ДНК-вакцина «ДНК-4» представляет собой раствор для внутримышечного введения четырех плазмидных ДНК, экспрессирующих белки ВИЧ-1 Gag, RT, gp140 и Nef, с концентрацией суммарной рекомбинантной ДНК 1,0 мг/мл. Проведено лабораторно-экспериментальное изучение общетоксического действия, специфической активности и фармакокинетики вакцины против ВИЧ-1/СПИД «ДНК-4», показавшее иммуногенность и безопасность вакцины при введении лабораторным животным [Murashev et al., 2007]. В 2010-2011 гг. в сотрудничестве с ФГУП «ГосНИИ особо чистых биопрепаратов» и СПбГМА им. Павлова проводится первая фаза клинических испытаний данной кандидатной вакцины на 21 добровольце.

В Биомедицинском центре с 2000 года также проводятся исследования групп населения с высоким уровнем заражаемости ВИЧ-инфекцией, прежде всего наркозависимых, использующих внутривенное введение наркотиков [Kozlov et al., 2006]. На основании данного опыта создана экспериментальная когорта лиц из группы высокого риска заражения ВИЧ-инфекцией для испытания вакцины на эффективность. Этим работам была посвящена специальная редакционная статья в журнале «AIDS» в 2006 году [Luo and Cofrancesco, 2006].

Недавно проведенные Биомедицинским центром исследования на этой когорте позволили обнаружить случаи острой и ранней ВИЧ-инфекции и изучить генетические особенности штаммов ВИЧ-1, ответственных за передачу ВИЧ-инфекции в этих случаях [Masharsky et al., 2010]. Было сделано важное открытие мирового значения о высокой гомогенности вирусной популяции в организме недавно заразившихся пациентов, свидетельствующее о том, что в большинстве случаев (70%) заражение происходит одной единственной вирусной частицей. Возможно, за успешную передачу отдельных вариантов ВИЧ отвечают какие-то особенности белка оболочки. В результате наших исследований были получены полноразмерные гены оболочки вирусных вариантов, ответственных за заражение, которые могут быть использованы для усовершенствования ДНК-вакцины против ВИЧ, так как именно против этих вирусных вариантов надо создавать вакцину. Это открытие было высоко оценено международной научной общественностью, ему была посвящена редакционная статья в журнале «Science» [Cohen, 2010].

Список литературы:

1. Jon Cohen (2010) HIV/AIDS investigators few and far between. Science, Vol.329 p.173.

2. Corey L. (2010) The need for more efficient efficacy trials of HIV vaccines. AIDS vaccine 2010. Atlanta, Georgia, USA, 28 Sept -1 Oct, 2010

3. Kozlov, A.P., G.V.Volkova, A.G.Malykh, G.S.Stepanova, A.V.Glebov (1993) Epidemiology of HIV infection in St.Petersburg, Russia.// J. of AIDS, V.6, №2, p. 208-212

4. Kozlov AP, Shaboltas AV, Toussova OV, Verevochkin SV, Masse BR, Perdue T, Beauchamp G, Sheldon W, Miller WC, Heimer R, Ryder RW, Hoffman IF (2006) HIV incidence and factors associated with HIV acquisition among injection drug users in St Petersburg, Russia. AIDS, 20(6): 901-6.

5. Luo RF, Cofrancesco J Jr. (2006) Injection drug use and HIV transmission in Russia. AIDS. 20(6):935-6.

6. Alexei E. Masharsky, Nikolai A. Klimov, and Andrei P. Kozlov (2003) Molecular Cloning and Analysis of Full-Length Genome of HIV Type 1 Strains Prevalent in Countries of the Former Soviet Union. AIDS Research and Human Retroviruses, Vol. 19: 933-939

7. Masharsky AE, Dukhovlinova EN, Verevochkin SV, Toussova OV, Skochilov RV, Anderson JA, Hoffman I, Cohen MS, Swanstrom R, Kozlov AP. (2010) A substantial transmission bottleneck among newly and recently HIV-1-infected injection drug users in St Petersburg, Russia. J Infect Dis. 201(11):1697-702. PubMed PMID: 20423223.

8. Murashev B, Kazennova E, Kozlov A, Murasheva I, Dukhovlinova E, Galachyants Y, Dorofeeva E, Dukhovlinov I, Smirnova G, Masharsky A, Klimov N, Kozlov AP (2007) Immunogenicity of candidate DNA vaccine based on subtype A of human immunodeficiency virus type 1 predominant in Russia. Biotechnol J. 2(7):871

9. Nabatov AA, Masharsky AE, Verevochkin SV, Emelyanov AV, Lukashov VV, Heimer R, Ryder RW, Goudsmit J, Kozlov AP (2007) The rate of epidemiological and virological changes during the transition from nascent to concentrated HIV epidemic stage in the former Soviet Union countries. AIDS Res Hum Retroviruses, 23(2):183-92.

Исследования в области Эволюционной Онкологии

С первых дней создания Биомедицинского центра тема эволюционной онкологии была одной из важнейших тем, разрабатываемой А.П. Козловым и его сотрудниками. Данное направление работы возникло задолго до создания центра, и начало ему положили теоретические работы А.П. Козлова, в которых была сформулирована гипотеза об эволюционной значимости опухолей [1,2]. Суть данной гипотезы состоит в следующем: в опухолях возможна активация эволюционно новых и/или спящих генов. Начиная с 1980-х годов, мы работали над экспериментальным доказательством этого предсказания. В ходе данной работы методами молекулярной гибридизации было показано, что в опухолях млекопитающих экспрессируются последовательности, не экспрессирующиеся ни в одной экспериментально доступной нормальной ткани [3]. Однако методическая база того времени не позволяла одновременно изучать эволюционную и опухолевую специфичность. Только после появления в 1990-х годах методов современной компьютерной геномики мы получили инструмент, позволявший одновременно изучать оба направления. Переломной датой в данной работе можно назвать 2001 год, когда совместно с московскими коллегами была опубликована статья о поиске нуклеотидных опухолеспецифических последовательностей человека с помощью подхода, получившего название глобальный компьютерный дифференциальный дисплей (КДД). Для его осуществления была создана специальная программа HSAnalyst [4]. Использование КДД позволило отобрать из базы транскрибирующихся последовательностей UNIGENE около 200 кластеров (нуклеотидных последовательностей), которые на 90 и более процентов состояли из EST опухолевых клонотек.

На следующем этапе необходимо было экспериментально проверить специфичность опухолевой экспрессии последовательностей, выявленных с помощью глобального КДД. Для этой цели мы использовали панели кДНК из опухолевых и нормальных тканей (Clontech Multiple Tissue cDNA (MTCTM ) Panels). Использовалась также РНК, полученная в нашей лаборатории из опухолевого материала. Всего в наших экспериментах были представлены кДНК из опухолей 19 локализаций и 27 нормальных тканей человека, включая 8 эмбриональных. Опухолевую специфичность последовательностей проверяли с помощью ПЦР на данных панелях с праймерами, специфичными к определенной последовательности. Всего нами было изучено экспериментально 56 последовательностей из двухсот. Для 9 из них была подтверждена специфичность опухолевой экспрессии [5, 6]. Для последовательностей, специфичность которых была подтверждена экспериментально, характерен широкий круг опухолей, в которых они экспрессируются. Так, одна из последовательностей экспрессировалась в 46 образцах опухолей из изученных 56 и ни в одной из 27 изученных нормальных тканей. Одна из белковых последовательностей, специфичность которой была доказана экспериментально, оказалась перспективным иммуногеном для создания противоопухолевой вакцины [6]. Большинство же из экспериментально подтвержденных опухолеспецифических последовательностей являются некодирующими РНК. Изучение экспрессии и структуры одной из таких некодирующих РНК позволило предположить, что мы имеем дело с еще не описанной миРНК человека [7]. В настоящее время проводится экспериментальная проверка этого предположения.

Для 9 последовательностей, опухолевая специфичность экспрессии которых была подтверждена экспериментально, мы предприняли изучение их эволюционной новизны. С использованием молекулярно-биологических методов, методов сравнительной геномики и анализа эволюционной консервативности последовательностей нам удалось показать, что шесть из этих девяти последовательностей являются эволюционно новыми: две из них возникают у человека, одна – у приматов, а другие три имеют ортологов только у млекопитающих и эволюционируют нейтрально, о чем свидетельствуют скорость нуклеотидных замен и отсутствие консервативных фрагментов и консервативных участков вторичной структуры в их составе [8, 9].

Помимо уже описанного выше подхода, в своей работе мы использовали также и комплементарный подход: изучали опухолеспецифичность гена, который является эволюционно новым. В этой связи наше внимание привлекла статья Michele Clamp и соавторов, посвященная сравнительно-геномному анализу белок-кодирующих генов человека [10]. В статье был приведен список из 12 генов человека, кодирующих экспериментально обнаруженные белки, не имеющие ортологов в геномах мыши и собаки. Таким образом, эти гены могут рассматриваться как эволюционно новые и должны экспрессироваться в различных опухолях. Одним из генов, описанных в статье, был ген PBOV1 (Prostate and breast cancer overexpressed 1). Изучив паттерн экспрессии гена PBOV1 в различных опухолевых и нормальных тканях человека, мы показали он экспрессируется во множестве опухолей различных локализаций, но не в нормальных тканях [11].

Таким образом, нетривиальное предсказание нашей концепции об активации экспрессии эволюционно новых и/или спящих последовательностей в опухолях получило экспериментальное подтверждение в наших работах.

Список литературы:

Kozlov A.P. Evolution of living organisms as a multilevel process// J Theor Biol.-1979.-Nov 7.-V. 81.- №1.- P. 1-17.
Kozlov A.P. Gene competition and the possible evolutionary role of tumours// Med Hypotheses.-1996.- Feb.-V. 46.- №.2.- P. 81-84.
Евтушенко В.И., Хансон К.П., Барабицкая О.В., Емельянов А.В., Решетников В.Л., Козлов А.П. Определение верхнего предела величины экспрессии генома крысы. // Молекулярная биология.-1989.- т.23, №3.- стр.663 – 675.
Baranova A.V, Lobashev A.V., Ivanov D.V. et al. In silico screening for tumour-specific expressed sequences in human genome// FEBS Lett.-2001. - Nov. 9.-V. 508.-№ 1.-P.143-148.
Krukovskaya L.L., Baranova A., Tyezelova T., Polev D. and Kozlov A.P. Experimental study of human expressed sequences newly identified in silico as tumor specific. // Tumor Biology. – 2005. – V.26. – P.17 -24.
Palena C., Polev D.E., Tsang K.Y., Fernando R.I., Litzinger M., Krukovskaya L., Baranova A.V., Kozlov A.P. and Schlom J. The human T-box mesodermal transcription factor Brachyury is a candidate target for T-cell – mediated cancer immunotherapy.// Clin. Cancer Res. – 2007. – V.13, No.8. – P. 2471 – 2478.
Полев Д.Е, Носова Ю.К., Круковская Л.Л., Баранова А.В., Козлов А.П. Экспрессия транскриптов, соответствующих кластеру Hs.633957, в тканях и опухолях человека. // Молекулярная биология.-2009.- т.43, №1.- стр.1-6.
Kozlov A.P., Galachyants Y.P., Dukhovlinov I.V., Samusik N.A., Baranova A.V., Polev D.E. and Krukovskaya L.L. Evolutionarily new sequences expressed in tumors. // Infectious Disease and Cancer. – 2006. – V.1, No.8. –doi: 10.1186/1750 – 9378 – 1 – 8.
Самусик Н.А., Галачьянц Ю.П., Козлов А.П. Анализ эволюционной новизны последовательностей, экспрессирующихся в опухолях.// Экологическая генетика.- 2009.-Т.VII.-№2.-Стр.26-37.
Clamp M., Fry B., Kamal M. et al. Distinguishing protein-coding and noncoding genes in the human genome.// Proc Natl Acad Sci U S A. - 2007.- Dec 4.- 104(49).- P. 19428-19433.
Круковская Л.Л, Самусик Н.Д., Шилов Е.С., Полев Д.Е., Козлов А.П. Опухолеспецифическая экспрессия эволюционно нового гена PBOV1.// Вопросы онкологии. – 2010.- т.56, №3.- стр.327-32.

Исследования в области туберкулеза

Биомедицинский центр занимается изучением генетического разнообразия штаммов микобактерий туберкулезного комплекса, распространенных в Санкт-Петербурге и Ленинградской области в различных группах риска, а также анализом частоты встречаемости мутаций, ассоциированных с лекарственной устойчивостью к различным противотуберкулезным препаратам.

Туберкулез в наши дни, как и в прошлые века, остается ведущей причиной смерти среди инфекционных заболеваний. Рост распространенности туберкулеза (ТБ) во многих странах мира стал естественным следствием не только социально-экономических потрясений, распространения ВИЧ-инфекции, но и результатом изменений самого возбудителя, а именно, появления штаммов микобактерий туберкулезного комплекса, устойчивым ко многим лекарственным препаратам. Наличие устойчивости к лекарственным препаратам значительно снижает вероятность успешного лечения ТБ, поэтому для назначения корректной терапии необходимо применять современные молекулярно-генетические методы обнаружения устойчивости M.tuberculosis к противотуберкулезным препаратам, основанные на анализе точечных мутаций, являющихся молекулярными маркерами резистентности. Известно, что частоты мутаций, связанных с развитием лекарственной устойчивости (ЛУ) у микобактерий, различаются в разных географических регионах. Для эффективного применения молекулярно-биологических методов диагностики ЛУ, необходимо знать частоты мутаций, связанных с ЛУ, в конкретном регионе в данный момент времени.

Помимо лекарственной устойчивости, серьезную угрозу возникновения эпидемии представляет рост заболеваемости ТБ среди ВИЧ-инфицированных индивидов, лиц, находящихся в местах лишения свободы, бездомных и мигрантов. В настоящий момент существует достаточное количество работ, посвященных молекулярно-эпидемиологическим исследованиям штаммов M.tuberculosis в различных регионах России (Kovalev et al., 2005; Surikova et al., 2005; Drobniewski et al., 2005; Mokrousov et al., 2008). Однако в большинстве работ изучается генетическое разнообразие штаммов МТК, циркулирующих среди общей популяции больных ТБ (Kovalev et al., 2005; Surikova et al., 2005; Mokrousov et al., 2008). Незначительное количество работ посвящено изучению эпидемиологических особенностей штаммов микобактерий туберкулезного комплекса среди заключенных (Kimberling et al., 1999; Lafontaine et al., 2004; Drobniewski et al., 2005). Однако молекулярно-эпидемиологические особенности штаммов M.tuberculosis, циркулирующих в группах риска, особенно среди таких групп риска, как ВИЧ-инфицированные, мигранты и лица БОМЖ, не изучены. Поэтому изучение генетического разнообразия штаммов МТК среди групп риска, представляет большой интерес.

Исследования в области ЗППП и гепатитов

В рамках исследовательских проектов, выполняемых в Биомедицинском центре, осуществляется консультирование участников, основную группу которых составляют потребители инъекционных наркотиков (ПИН), врачами – дерматовенерологом и инфекционистом – и проводится обследование на инфекции, передаваемые половым путем (ИППП), и гемоконтактные инфекции, в частности гепатиты В и С. Лабораторное обследование, а при необходимости также и лечение, выполняются участникам бесплатно и являются неотъемлемым вспомогательным компонентом социально-психологического сопровождения. Пользоваться услугами медицинского сопровождения в любое время по своему желанию имеют возможность все участники текущих проектов. Медицинское сопровождение востребовано участниками и является дополнительным фактором, способствующим привлечению и удержанию респондентов в когорте.

В связи с тем, что основной эпидемиологической задачей когортных исследований, проводимых в Биомедицинском центре, является оценка уровня распространенности и заболеваемости вирусными гепатитами В и С, сифилисом и генитальным герпесом среди ПИН, всем участникам выполняют лабораторное исследование сывороток крови, включающее определение:

1. сывороточных маркёров вирусных гепатитов В и С:
• поверхностного антигена вируса гепатита В (ВГВ) – HBsAg;
• антител к поверхностному антигену ВГВ – anti-HBs;
• антител к сердцевинному антигену ВГВ (HBcAg) – anti-HBc;
• антител к вирусу гепатита С (ВГС) – anti-HCV;
2. серологических маркеров сифилиса – с помощью экспресс-теста на реагины плазмы (RPR) и реакции пассивной агглютинации желатиновых частиц (TPPA);
3. антител (IgG) к вирусу простого герпеса 2 типа (ВПГ-2) – методом ИФА.;

Получение информации о распространенности этих инфекций и заражаемости ими в популяциях высокого поведенческого риска имеет огромное эпидемиологическое значение и возможно только при проведении широкомасштабных когортных исследований.

Дополнительное лабораторное обследование, выполняемое по желанию ПИН, включает исследование образцов биологического материала (мазки и соскобы со слизистой оболочки уретры, цервикального канала, влагалища) на абсолютно патогенные микроорганизмы, вызывающие ИППП, – Neisseria gonorrheae, Chlamydia trachomatis, Trichomonas vaginalis, Mycoplasma genitalium с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР). Обязательно выполняется также рутинное микроскопическое исследование мазков, окрашенных по Грамму и метиленовым синим.

Организованная в Биомедицинском центре система медицинского сопровождения участников когортных проектов – адресная, бесплатная, анонимная, охватывающая наиболее актуальные области (инфекционные, кожные и венерические болезни), не допускающая стигматизации и дискриминации, – является весьма привлекательной для участников, способствует их возвращению в исследование и может служить моделью оказания медицинской помощи ПИН, особенно ВИЧ-инфицированным.

Адрес

Улица Выборгская 8
Санкт-Петербург

Контакты

Email: contact@biomed.spb.ru
Телефон: +7 (812) 499-16-79

Ссылки

Обратная связь

Пожалуйста, присылайте нам свои идеи, сообщения об ошибках и предложения! Любая обратная связь будет оценена.